Τo help desk είναι η τηλεφωνική γραμμή επιστημονικής υποστήριξης και ενημέρωσης των πολιτών. Το help desk λειτουργεί σε όλη τη διάρκεια του έργου και σκοπός του είναι η παροχή υποστήριξης των στελεχών των Κ.Ε.Π. τόσο σε θέματα επιστημονικά όσο και σε θέματα διαδικαστικά .Λειτουργεί σε ώρες εργάσιμες και μεριμνά για την καλύτερη δικτύωση των ΚΕΠ υγείας των δήμων καθώς και την ενημέρωση των πολιτών για την λειτουργία των Κ.Ε.Π. Υγείας. Η γραμμή Help desk απαρτίζεται από καταρτισμένο προσωπικό που είναι σε θέση να δίνει απαντήσεις σε ερωτήματα των στελεχών των Κ.Ε.Π. Υγείας οποιαδήποτε στιγμή μέσα στον εργάσιμο χρόνο κρίνεται απαραίτητο.